Bland de inbjudna fanns de EU-länder som har någon sorts militärmakt samt Turkiet och Kanada.
Natos generalsekreterare Mark Rutte, EU-kommissionens ordförande Ursula von der Leyen och rådsordförande António Costa har bjudits in.
Däremot var EU:s estniska utrikeschef Kaja Kallas inte bjuden och inte heller någon representant för regeringarna i Estland, Lettland eller Litauen.
Den estniska statens mediekanal ERR skriver att Estland i själva verket är en "nyckelspelare" i Nato och varnar för att det kan få följder för "säkerheten" att landet inte får vara med.
Efter kritiken har Storbritannien bjudit in baltstaterna till ett telefonmöte före toppmötet, där de kan lämna sina synpunkter.
