I ett uttalande på sin hemsida skriver ambassaden att "våra tankar och böner är med offren och deras familjer".
Samtidigt uppmanas amerikanska medborgare i Sankt Petersburg att kontakta sina anhöriga och närstående hemma i USA, att undvika området där explosionen ägde rum och att följa de lokala nyheterna.
Utöver USA har bland annat även Belgiens biträdande premiärminister Didier Reynders liksom EU:s "utrikesminister" Federica Mogherini framfört sina kondoleanser.
Following the news coming from #SaintPetersburg, together with all EU Foreign ministers. Our thoughts are with all people of #Russia
— Federica Mogherini (@FedericaMog) April 3, 2017
I express condoleances to families of blast victims #StPetersburg #SaintPetersbourg
— didier reynders (@dreynders) April 3, 2017