De sex männen uppges vara från Centralasien och har kommit till Ryssland som arbetskraftsinvandrare. Men istället för att jobba har de "rekryterat folk av centralasiatiskt ursprung i Sankt Petersburg sedan 2015 för att bli anhängare till Islamiska staten och Al Nusra-fronten och för att utföra terrorattacker", uppger Sankt Petersburgs utredningskommitté i ett uttalande.
Terrortillslaget utfördes under veckan av den ryska säkerhetstjänsten NSB i samarbete med Sankt Petersburgs nationalgarde.
I lägenheten påträffades islamistpropaganda, islamistiska videofilmer och handlingar. Det är oklart om de sex gripna männen har någon koppling till 22-årige Akbarzhon Jalilov som genomförde terrordådet i stadens tunnelbana i måndags.
"Han gick inte till moskén"
Ingen terrorgrupp har ännu tagit på sig ansvaret för måndagens dåd. Även om förövaren Jalilov misstänks ha haft kopplingar till islamistiska grupper och myndigheter och media antagit att det fanns ett islamistiskt motiv till det, finns det ännu inga bevis för ett sådant samband.
"Han var en tyst man. Han bad inte. Han gick inte till moskén", berättar en tidigare kollega till 22-åringen.
Ingen tycks kunna peka ut Jalilov som särskilt religiös. Tvärtom kom han från en muslimsk familj som levde ett ganska sekulärt liv i Ryssland och beskrivs som "lugn och vänlig".
– Det här är en vanlig familj. Jag har träffat hans mamma flera gånger, en helt vanlig kvinna. Den här familjen är inte djupt religiös heller, snarare sekulär, berättar en tjänsteman i hemstaden Osh i Kirgizistan för rysk media.
15 människor, medräknat attentatsmannen, dödades i terrordådet.