Enligt Ekot var det Busch Thor själv som trots en splittrad partistyrelse drev igenom förslaget, som ska läggas fram på partiets riksting.
KDU:s ordförande Sara Skyttedal säger sig vara "genuint förvånad" över att partiledaren fattat beslutet.
– Man ställer sig frågan: varför skulle man vilja begränsa KDU:s ställning internt i ett läge där vi ökade bland förstagångsväljarna och där KDU:are runt om i landet gjorde kanske den allra viktigaste insatsen i senaste valrörelsen, säger Skyttedal till Ekot.
Det har sedan tidigare funnits ett missnöje inom moderpartiet med KDU, som anklagas för att ha blivit för invandringskritiskt under Sara Skyttedals tid som ordförande.
Å andra sidan har Ebba Busch Thor själv väckt missnöje inom partiets vänsterliberala falang på grund av sin högerprofilering. Samtidigt har hon retat upp mer konservativa partiföreträdare genom att ta ställning för homoadoptioner.