USA:s besked kommer efter att Donald Trump träffat Rysslands president Vladimir Putin och diskuterat Syrienfrågan under ett enskilt möte under G20 i Hamburg.
Enligt Washington Post speglar beslutet en ny linje i den amerikanska utrikespolitiken och en vilja att samarbeta med Ryssland.
Enligt Vita huset fattade Trump sitt beslut redan för en månad sedan, i samråd med CIA-chefen Mike Pompeo och den säkerhetspolitiske rådgivaren H.R. McMaster. Juan Cole, forskare vid University of Michigan, säger till Al Jazeera att det skedde mot bakgrund av att de CIA-understödda grupperna är små och i princip redan har besegrats av Assad-regeringen.
Det var 2013 som den tidigare presidenten och fredspristagaren Barack Obama beslutade att stödja jihadisterna i Syrien med vapen och stridsträning i syfte att pressa landets president Bashar al Assad att lämna makten. Policyn har kritiserats även av dess tidiga anhängare för att vara ineffektiv och farlig eftersom Ryssland snabbt satte in stridsflyg och levererade materiel, bland annat avancerat luftvärn, för att försvara den syriska regeringen.
Ryssland och USA har meddelat att en vapenvila ska träda i kraft i sydvästra Syrien den 9 juli.