Dekretet innebär att sjukhus och kliniker som får federala medel förbjuds att erbjuda "vård" som pubertetsblockerare, hormonbehandlingar eller kirurgiska ingrepp för minderåriga.
Trump kallar det för ett sätt att skydda barn och uppmanar landets hälsodepartement att vidta åtgärder för att stoppa vad han beskriver som "kemisk och kirurgisk stympning av barn".
I dekretet står det bland annat att "det är Förenta staternas policy att inte finansiera, sponsra, främja, bistå eller stödja så kallad 'transition' av barn från ett kön till ett annat". Trump-administrationen lovar också att strikt tillämpa lagar som begränsar eller förbjuder sådana medicinska åtgärder.
Åtgärden är en del av Trumps bredare politik för att begränsa stöd till HBTQ-relaterade satsningar, en linje som mött starkt motstånd från demokrater och aktivistgrupper.