– Valet vi står inför står i slutändan mellan diplomati och någon form av krig, sade han vid ett tal på American University i Washington DC, rapporterar AP.
– Kanske inte imorgon, kanske inte om tre månader, men snart, fortsatte han.
I den republikanskt dominerade kongressen finns det ett stort motstånd mot avtalet som man nästa månad ska ta ställning till. Avtalet handlar i stora drag om att USA och omvärlden ska lätta på sina sanktioner mot Iran i utbyte mot att landet tillåter större insyn i sitt kärnenergiprogram samt skrotar stora delar av sin förmåga att anrika klyvbart material.
En av atomavtalets starkaste motståndare är den israeliske premiärministern Benjamin Netanyahu som bedrivit intensivt lobbyarbete för att försöka övertyga den amerikanska kongressen om att säga nej till avtalet.
Netanyahu talade i mars i år inför den amerikanska kongressen och hävdade då att USA "bereder Irans väg till bomben" genom att förhandla med Israels svurne fiende. Obama anklagade under onsdagen istället dem som lyssnade på de argumenten för att resonera likadant som extremisterna i Iran.
– Det är extremisterna som skanderar "död åt Amerika" som är största motståndarna till avtalet. De gör gemensam sak med republikanerna, sade han.