– Vi har gjort en samlad bedömning att hans agerande i relation till externa religiösa och politiska organisationer har lett till en diskussion som står i vägen för hans uppgift som minister, sade Stefan Löfven.
Statsministern hävdar att han tog emot Kaplans begäran om entledigande idag och beviljade den.
Mehmet Kaplan bedyrade under presskonferensen att han under hela sin tid som politiker kämpat mot "rasism, islamofobi och antisemitism" och för "allas lika värde".
Han uttryckte ingen ånger för det han har gjort och sagt utan förklarade att uppgifterna om honom är "felaktiga".
Finansmarknadsminister Per Bolund (MP) kommer tills vidare att ta över ansvaret för bostadsfrågorna. It- och stadsutvecklingsfrågorna ska hanteras av näringsminister Mikael Damberg (S).
Drevet mot Kaplan inleddes i slutet av förra veckan, då det framkom att han förra sommaren ätit middag tillsammans med välkända turkiska fascister och islamister. Under söndagen skrev Svenska Dagbladet om att ministern tidigare har jämfört israelernas behandling av palestinier med hur nazisterna behandlade judar, ett uttalande som som fördömdes som antisemitiskt av bland andra Israels ambassadör.