Varningen gäller Södermanlands och Stockholms län under söndagsdygnet.
Mellan 35 och 50 millimeter regn väntas ha fallit över de båda regndrabbade länen när regnet under kvällen och natten drar vidare.
SMHI skriver att natten till måndagen blir klar, men kall då temperaturen i östra Svealand sjunker ned till omkring fem grader.