Polischefen Greg Mullen beskriver massakern mot den afroamerikanskt dominerade kyrkan Emanuel AME Church som ett hatbrott och en vit man i 20-årsåldern uppges jagas för dådet.
– Vi har nio offer i detta avskyvärda brott som har begåtts, vi letar efter en vit man, ungefär 21 år gammal, sandblont hår och han är uppenbarligen väldigt farlig, sade han vid en pressträff.
Bilder som spreds i media under kvällen och natten visade hur polis förde bort en vit man som passade in på signalementet, men rapporterades senare endast ha varit bilder på en oskyldig fotograf. Förövaren uppgavs ännu under torsdagsmorgonen vara på fri fot och beskrivs av polisen som beväpnad och farlig.
Bland de omkomna finns kyrkans pastor, Clementa Pinckney, som även sitter med i delstatens senat, rapporterar AP.
– Människor i bön under en onsdagskväll, i en ritual där man samlas för att tillbe och lova gud. Att det då kommer in en förfärlig person som skjuter dem är avskyvärt och uppenbarligen den mest intolerabla gärning man kan tänka sig, kommenterade Charlestons borgmästare Joseph Riley.
USA:s federala polis FBI uppges ha kopplats in för att bistå den lokala polisen med utredningen och jakten på förövaren. Klockan sju på morgonen lokal tid, klockan ett på eftermiddagen svensk tid, har polisen kallat till ännu en presskonferens för att lämna mer information om händelsen.