Topptjänstemannen, som tidigare har haft flera tunga uppdrag inom Miljöpartiet, anställdes efter valet av Åsa Romson som politisk sekreterare i regeringskansliet.
Knarkhärvan luckrades upp i slutet av 2011 när tullen beslagtog en sändning bestående av 42,7 gram narkotikaklassad svamp som skickats från Holland till tjänstemannens privata adress.
I polisförhör erkände topptjänstemannen att han hade gjort beställningen, men att han inte visste vad det var han hade beställt eftersom han vid tillfället var "mycket alkoholpåverkad och mådde dåligt".
– Man gör dumma saker när man är alkoholpåverkad, sade han under förhöret enligt Expressen.
Under 2008 dömdes tjänstemannen för skadegörelse till dagsböter, även då under kraftig påverkan av alkohol och cannabis, enligt hans egna uppgifter.
Mannen har inte velat kommentera narkotikadomen till Expressen, utan hänvisar till sina överordnade.
– Han hade informerat om sitt brott, det är sonat och har redan tidigare varit omskrivet i media i samband med att dom föll, säger utbildningsminister Gustav Fridolin (MP) till Aftonbladet.