21-årige Dylann Storm Roof greps i en vägspärr i delstaten North Carolina under förmiddagen, lokal tid, skriver AP.
Den misstänkte, Storm Roof, uppges ha deltagit i en bönegudstjänst i kyrkan igår kväll och ska ha suttit ned i kyrkan och deltagit i gudstjänsten i nästan en timmes tid innan han plötsligt började skjuta.
Charlestons polischef Greg Mullen har beskrivit dådet som ett hatbrott, men undvikit att kommentera huruvida förövaren skulle vara motiverad av hat mot afroamerikaner eller hat mot kristna. Enligt uppgifter i media ska Dylann Roof ha sagt till sina offer att han befann sig i kyrkan för att "döda svarta".
Bland dödsoffren fanns sex kvinnor och tre män – ett av offren är kyrkans pastor Clementa Pinckney som även är delstatssenator. Myndigheterna har sagt att man tänker offentliggöra namnen på offren så snart deras anhöriga informerats om dödsfallen.
Tre personer som befann sig i kyrkan, vid sidan av skytten, överlevde massakern. Enligt uppgifter till Daily Mail klarade sig ett barn genom att spela död. Roof ska också ha låtit en av kvinnorna överleva så att hon skulle kunna "berätta för världen om vad som hände".