USAID har bl.a. ägnat sig åt olika projekt för att stödja "demokrati och mänskliga rättigheter" i Ryssland.
Talesmän för den ryska regeringen säger att vissa av programmen är att anse som försök av en främmande nation att underminera Rysslands suveränitet, enligt den ryska nyhetsbyrån RIA Novosti.
Det amerikanska biståndsorganet har varit aktivt i Ryssland i två decennier och har under den tiden satsat 2,7 miljarder dollar på sina projekt, som även har inkluderat sociala program för att t.ex. hjälpa problemungdomar och bekämpa tuberkulos och HIV/AIDS.
Trots Rysslands kraftiga markering är man från amerikansk sida fast besluten om att fortsätta sitt arbete i Ryssland.
"Även om USAID:s fysiska närvaro i Ryssland kommer att upphöra, så kommer vi att fortsätta stödja demokrati, mänskliga rättigheter och utvecklingen av ett mer robust civilsamhälle i Ryssland och ser fram emot att fortsätta vårt samarbete med ryska icke-statliga organisationer", säger en talesman för USA:s utrikesdepartement.