Under en presskonferens på måndagen förklarade Putins talesman Dmitrij Peskov att det visserligen inte går att dra direkta paralleller mellan händelserna 1991 och 2016, men att det är uppenbart att Storbritannien nu går igenom en "turbulent, förvirrande och oförutsägbar period".
– Ryssland har gått igenom Sovjetunionens kollaps och många generationer kommer tydligt ihåg denna period av osäkerhet, sade han.
Sovjetunionen upplöstes i december 1991, mer än 18 månader efter Litauen som första delrepublik förklarade sig självständigt. De baltiska staterna Estland, Lettland och Litauen gick med i EU 2004 och alla tre har infört euron som valuta.
När resultatet av Storbritanniens folkomröstning stod klart på midsommarafton rasade värdet på den ryska rubeln till sin lägsta nivå på 14 månader.
Enligt Peskov vill Ryssland ha bättre relationer med både Storbritannien och EU eftersom landet har ett intresse av ett "stabilt, snabbt utvecklande och förutsägbart" Europa.