Exakt vad som ligger bakom det hastiga tillbakadragandet är inte klart, men enligt Rysslands officiella version anser Putin att "uppdraget i stort sett är slutfört" och väljer därför att lämna landet.
Ryssland inledde sin antiterrorinsats i Syrien den 30 september förra året. Enligt Putin hade man full rätt att gå in i landet i enlighet med internationell lag, eftersom den syriska regeringen godkänt interventionen på förhand.
Det ryska flygvapnet har genomfört lufträder mot Islamiska staten och andra jihadistgrupper sedan i höstas.
Syrien kontrolleras fortfarande till stor del av IS och jihadister.
USA hade vid 19-tiden svensk tid ännu inte kommenterat beslutet.