Fartyget ligger nu i Murmansk där Ryssland har beslagtagit 15 ton krabba, som var båtens hela last.
– Vi kan bekräfta att ett fartyg har blivit omhändertaget och att det nu hålls i hamn. Vi tittar just nu på detaljerna kring detta, säger Rasa Jakilaitienė, en talesperson för Litauens utrikesministerium, till lokal media.
Händelserna runt iskefartyget tros ytterligare förvärra spänningarna mellan den USA-kontrollerade delen av världen och Ryssland.