Bakgrunden är den tilltagande handelskonflikten mellan USA och EU, där båda parter hotat med höga tullar på en rad industriprodukter.
EU:s svarstullar skulle ha trätt i kraft den 15 april, men pausas nu för att ge utrymme för nya förhandlingar.
"Om förhandlingarna inte bär frukt träder våra motåtgärder in", skriver von der Leyen på plattformen X, och betonar att det förberedande arbetet fortsätter.
Trump har tidigare kritiserat EU:s handelspolitik och menar att amerikanska företag länge har behandlats orättvist.