Enligt Trump vill Zelenskyj inte längre skriva under det senaste förslaget till avtal, som sägs ge USA ovanligt stort inflytande över Ukrainas naturresurser genom en gemensam investeringsfond.
– Han försöker backa ur sällsynta jordartsmetaller-avtalet, och om han gör det har han problem, stora, stora problem, sa Trump till reportrar enligt Reuters.
– Han vill gå med i Nato, men han kommer aldrig att bli medlem. Det förstår han.
Zelenskyj kommenterade frågan redan den 28 mars.
"Vi kommer inte att skriva under ett mineralavtal som stör Ukrainas väg mot EU", sa han. "Inget som kan hota vårt EU-medlemskap kan accepteras."
Enligt Bloomberg den 29 mars har Ukraina bett om ändringar i det nuvarande avtalet. Man kräver tydligare villkor för hur fonden ska styras och ett större amerikanskt investeringsåtagande.
Trump-administrationen beskriver avtalet som en central del av fredsprocessen i Ukraina, men har inte gett några konkreta säkerhetsgarantier i utbyte mot den omfattande tillgången till ukrainska resurser.
Ett tidigare avtalsutkast skulle ha undertecknats den 28 februari, men kollapsade efter ett infekterat möte i Ovala rummet mellan Trump, Zelenskyj och vicepresident JD Vance.
Vita huset säger att mineralavtalet är ett sätt för USA att "återfå" en del av det stöd som getts till Ukraina sedan Rysslands fullskaliga invasion inleddes.
Trump har även uttryckt intresse för ett naturresursavtal med Ryssland. Efter ett telefonsamtal med president Vladimir Putin den 18 mars sa han att USA hoppas kunna utöka handeln med Moskva och få tillgång till "mycket stora former av sällsynta jordartsmetaller".
Putin har tidigare, den 24 februari, sagt att Ryssland är öppet för samarbete med utländska aktörer kring utvinning av sällsynta metaller – även i ockuperade delar av Ukraina.