Under ett besök vid ett förintelsemuseum i Sered, Slovakien, påpekade Fico att vissa ukrainska trupper använder nazistiska symboler.
– Vi pratar alla om fascism och nazism samtidigt som vi tyst accepterar det faktum att det springer omkring soldater i Ukraina med väldigt tydliga symboler, vilka kopplas till rörelser som vi idag anser är väldigt farliga och förbjudna, sade Fico enligt lokal media.
Detta väckte stark kritik från Kiev, där det ukrainska utrikesdepartementet uttryckte besvikelse och påpekade att ukrainska soldater försvarar sitt land mot ryska inkräktare.
Ukrainas nazistiska element har tidigare skapat spänningar mellan Slovakien och Ukraina, och det senaste uttalandet riskerar att ytterligare försämra relationerna.