München ville genomföra PK-kuppen som en protest mot Ungerns planerade antipedofillag, som kriminaliserar homo- och transsexuell propaganda riktad mot barn.
"Uefa är en politisk och religiöst neutral organisation", skriver Uefa och nekar de tyska politikernas begäran, rapporterar DW.
Fotbollskonfederationen föreslår att tyskarna lyser med gayfärgerna vid något annat tillfälle istället.
Politiker runtom i Tyskland rasar mot beslutet, och arenorna i andra tyska städer kommer att lysas upp med regnbågens färger i protest.
Ungerns utrikesministern Peter Szijjarto välkomnar dock Uefas beslut.
"Tacka Gud för att det inom europeisk toppfotboll fortfarande finns ett sunt förnuft, och att man inte spelar med i denna politiska provokation. Uefa tog rätt beslut", säger Szijjarto enligt The Telegraph.