Mötet ska ha skett under söndagen men UD vill inte berätta vad som sagts, enligt Sveriges Radio P4 Stockholm.
Under söndagen skrev Iraks utrikesministerium på sin webbplats att händelserna kan få ”allvarliga återverkningar” på Sveriges relationer med den muslimska världen.
Även i Iran har regeringen uttryckt ilska över Paludans koranturné.