FHM är landets mest sålda tidskrift för män, och har på måndagen beslutat att byta omslag efter "en massa kommentarer om den påstådda rasismen".
Omslaget visar Filippinska skådespelaren Bela Padilla i en rosa bikini omgiven av svarta modeller i svart bikinis med bildtexten: "Bela Padilla Stepping out of the shadows."
Den ursprungliga omslaget hade överförts till tidningens Facebook-sida på lördagen, och klagomålen började strömma in.
"Vi ber om ursäkt och tackar dem som har höjt sina röster. Vi ber också ursäkt till Bela Padilla ifall detta kan ha orsakat henne några problem. I vår strävan att komma ut med tuffare omslag, kommer vi sträva efter att vara mer känsliga nästa gång." uttalar tidningens redaktör.
Bela Padilla 20, en såpopera stjärna som har en Filippinsk mor och en Brittisk far, twittrade en ursäkt: "I meant no harm with this cover. I'm so sorry to everyone who got offended. I hope all of you see the beauty of the cover and appreciate it".