Demonstranterna, som bland annat bestod av präster, krävde ett stopp för homosexuell propaganda i Georgien.
HBTQ-evenemanget fick avbrytas när demonstranter drabbade samman med polisen och förstörde rekvisita som regnbågsflaggor och plakat.
– Demonstranterna lyckades hitta sätt att ta sig in i evenemangsområdet, men vi kunde evakuera Pride-deltagarna och arrangörerna, sade Georgiens biträdande inrikesminister Alexander Darakhvelidze efter händelsen.
Ingen skadades i samband med tumultet, enligt myndigheterna.
Pride-arrangören Mariam Kvaratskhelia anklagar myndigheterna för att ha sett mellan fingrarna när "högerextrema" grupper "hetsade till våld mot HBTQ+-aktivister" under dagarna före Pride-evenemanget, enligt Guardian.
– Jag tror definitivt att detta var en planerad, samordnad åtgärd mellan regeringen och de radikala grupperna. Vi tror att den här operationen planerades för att sabotera Georgiens EU-kandidatur, säger hon.