Den infekterade frågan blev föremål för en bitter och hetsig diskussion under L:s partiråd på söndagen.
Bland annat förklarade Göteborgsliberalen Pär Gustafsson att SD är ett parti som vill "skicka hem" hans homosexuelle sambo.
Men när röstsiffrorna räknats stod det klart att partiledningen, med Nyamko Sabuni i spetsen, hade segrat.
Det innebär att L kommer att satsa på att ingå i en borgerlig regering i framtiden, även om en sådan stöds av SD.
Röstsiffrorna var 59 röster för partistyrelsens linje och 31 mot.
L kommer dessutom att kunna budgetsamarbeta med SD. Ett tilläggsyrkande som gick ut på att partiet skulle fastslå att man inte ska förhandla med "ytterkantspartier" röstades nämligen ned.
Hur det djupt splittrade partiet ska gå vidare nu återstår att se. En rad framträdande medlemmar har tidigare hotat att hoppa av partiet om Sabunis SD-vänliga linje skulle segra.