Lundström, som också var fritidspilot, var på väg ensam från Zagreb i Kroatien till Schweiz i sitt propellerplan av typen Mooney M20 när olyckan inträffade.
På 3.000 meters höjd började planet rotera i en nedåtgående spiral där det snabbt förlorade höjd, enligt en preliminär sammanställning av data från flyginformationsrapporteringssystemet ADS-B.
Slovenska 24ur har publicerat en ljudupptagning där man hör Carl Lundström kontakta flygledartornet i Ljubljana och be om att få lägga om sin rutt, vilket beviljas. Han kontaktar sedan flygledningen igen men radiokontakten bryts precis i inledningen av anropet.
Enligt lokala medier kraschade planet in i en fjällstuga i området Velika Planina och räddningstjänsten kunde i början inte nå dit med helikopter på grund av svårt väder med dålig sikt. Vid lunchtid på måndagen hittades planet och den avlidne piloten, enligt lokala medier.
Vännen och frilansjournalisten Christian Peterson, som skulle ha träffat Carl Lundström i Sankt Moritz senare i veckan, skriver på sin blogg att den svenska oppositionen har förlorat en av sina mest betydelsefulla och orädda veteraner.
"Hans död lämnar ett stort tomrum, inte bara för hans familj utan för hela den nationella oppositionen", skriver Peterson.
Carl Lundström föddes i Filipstad och ärvde tidigt i livet en förmögenhet som härstammade från hans familjs försäljning av knäckebrödsjätten Wasabröd.
Med pengarna byggde han upp flera egna företag, varav ett var den framgångsrika telefoni- och internetleverantören Rix Port80 som sedermera kom att erbjuda serverplats till The Pirate Bay, vilket ledde till att Lundström dömdes för medhjälp till brott mot upphovsrättslagen.
Vid sidan av sitt företagande engagerade sig Lundström i olika invandringskritiska och nationalistiska projekt. Han var tidigt med och byggde upp Sverigedemokraterna ekonomiskt och på senare år Alternativ för Sverige och nyhetswebbplatsen Frihetsnytt. Under början av 2010-talet stöttade han och bidrog regelbundet med artiklar i Fria Tider.
– Carl Lundström var en hedersman som inte bara tyckte och tänkte rätt utan också var villig att göra stora personliga insatser för att åstadkomma förändring. Etablissemanget hatade honom, förstås, eftersom han älskade sitt land och sitt folk, men precis när alla börjat inse hur fel etablissemanget hade och hur rätt han alltid haft så avled han i en flygolycka. Det är fruktansvärt orättvist, men trots att Carls liv slutade alldeles för tidigt så hann han precis se sitt 50 år långa, enträgna arbete börja ge resultat. Det är svårt att komma på någon annan person som gjort sig mer välförtjänt av det, säger Fria Tiders grundare Widar Nord.