I Thüringen får AFD 32,8 procent enligt vallokalsundersökningar medan Wagenknechts allians får 15,8 procent av rösterna.
I Sachsen fick AFD 30 procent – mer än dubbelt så många röster som det sammanlagda stödet för de tre partierna som utgör den federala koalitionsregeringen, det vill säga Socialdemokraterna (SPD), miljöpartisterna De gröna och nyliberala fria demokrater (FDP).
Dessa partier fick vart och ett ensiffriga stöd. De gröna i Thüringen och FDP i båda staterna klarade inte ens tröskeln på 5 procent för att bli representerade i delstaternas parlament.
"Tysklands regering vacklar efter förlust i regionvalen", lyder nu rubriken på den statliga tyska nyhetsförmedlaren Deutsche Welles rapportering från valnatten.
Det är enligt analytiker och medier ingen tvekan om att regionvalen ger en fingervisning om vad som komma skall i nästa tyska parlamentsval.
Fyra av fem tyska väljare uppger sig vara missnöjda med den federala regeringens arbete, och så har det länge varit. Den månatliga undersökning som genomförs av opinionsmätningsinstitutet Infratest Dimap visar regelbundet dåliga resultat för förbundskansler Olaf Scholz och hans ministrar.
Koalitionen ses som engagerad i ständiga interna gräl och oförmögen till handling. Regeringens snabba utlovande av en "striktare migrationspolitik" och panikartade utvisning av 28 afghaner till Afghanistan efter den dödliga knivattacken i Solingen i västra Tyskland fick inte det positiva genomslag som regeringen hade hoppats på.
Istället skämde politikerna förmodligen ut sig inför många väljare, som fick intryck av att regeringen först nu hade förstått att det här med invandring från tredje världen var en dålig idé.