Kais Saied fällde kommentaren under ett möte med det nationella säkerhetsrådet, rapporterar Al-Jazeera.
– Det outtalade målet med de successiva vågorna av illegal invandring är att Tunisien ska betraktas som ett rent afrikanskt land som inte har någon anknytning till de arabiska och islamiska nationerna, sade han.
Saied tillade att det massiva inflödet av svarta afrikaner till landet måste upphöra omedelbart.
Presidenten uppgav också att vissa aktörer – som han inte namngav – under det senaste decenniet har sett till att afrikanska migranter bosatt sig i Tunisien mot betalning.
Diverse vänsterorganisationer fördömer uttalandet i kraftiga ordalag.
– Det är ett rasistiskt tillvägagångssätt, precis som kampanjerna i Europa, säger Romdhane Ben Amor, talesperson för det tunisiska forumet för ekonomiska och sociala rättigheter, enligt Reuters.
Enligt honom syftar Kais Saieds presidentkampanj på att "skapa en imaginär fiende för att distrahera tunisierna från deras grundläggande problem".
Det hårt skuldsatta Tunisien befinner sig i en långvarig ekonomisk kris. Förra veckan protesterade tusentals fackföreningsmedlemmar över hela landet mot förvärrade ekonomiska problem och gripandet av en högt uppsatt facklig tjänsteman.
