Pengarna ska enligt regeringen användas "för att förbättra den sexuella och reproduktiva hälsan hos kvinnor och män med migrantbakgrund".
RFSU ska också "sprida kunskap om sexuella och reproduktiva rättigheter i samma målgrupp".
Den skattefinansierade organisationen bedriver sedan 2016, med stöd från regeringen, ett projekt med samma syfte. Med de nya miljonerna ska RFSU kunna fortsätta driva och utveckla projektet.
Resultatet av arbetet ska redovisas till Socialdepartementet senast den 1 mars 2022.
Beslutet bygger på en överenskommelse mellan regeringspartierna, Centerpartiet och Liberalerna.