"En person av kirgisiskt ursprung, som nu är en rysk medborgare, är troligen förövaren av attacken i Sankt Petersburgs tunnelbana den 3 april", säger talesmannen Rahat Sulaimanov till Interfax.
GKNB uppges nu arbeta nära den ryska säkerhetstjänsten för att utreda terrordådet.
Tidigare har det spekulerats i att en 20-årig kazakisk medborgare skulle ha genomfört dådet. Det är uppgifter som Kazakstans säkerhetstjänst tillbakavisar.
Både Kirgizistan och Kazakstan är länder där en klar majoritet av invånarna är muslimer. I synnerhet södra Kirgizistan pekas ut som ett fäste för islamistisk terrorism.
De båda bröderna Dzhokhar och Tamerlan Tsarnaev som i april 2013 genomförde dubbelbombningarna mot maratonloppet i Boston, USA, var båda invandrare från Kirgizistan.
Explosive experts working at the scene of deadly #StPeteblast at the city metro. Rescue operation is over. #SaintPetersburg pic.twitter.com/0C77Cz3zve
— Maria Finoshina (@MFinoshina_RT) April 3, 2017
Bodies of those died in #StPeteblast taken from scene to morgues.Minivans w/sign 'special' used for this.11 confirmed dead. #SaintPetersburg pic.twitter.com/GNrTSoLw7c
— Maria Finoshina (@MFinoshina_RT) April 3, 2017
Antalet döda i gårdagens terrordåd har justerats upp till elva. Över 45 personer uppges vara skadade, varav fyra allvarligt, twittrar reportern Maria Finoshina.
Det har spekulerats i att dådet var ett självmordsdåd och att förövaren därmed skulle finnas bland dem som omkom. Anledningen är medieuppgifter om att kroppen efter en centralasiatisk man hittats i explosionens epicentrum.
Sent igår kväll, rysk tid, ringdes USA:s president Donald Trump till Vladimir Putin och framförde sina kondoleanser, skriver RT. Putin uppges ha tackat Trump för omtanken och stödet. Båda ledarna är överens om att fortsätta hålla kontakten och bekämpa terrorn.