Tidningen hävdar att kommissionen har en rättslig skyldighet att offentliggöra meddelandena som kan innehålla information om EU:s kontroversiella mångmiljardaffär med Pfizer om inköp av vaccindoser mot covid-19.
Målet inleddes den 25 januari vid EU-domstolen och publicerades på webben den här veckan, men ingen detaljerad information är ännu tillgänglig online.
New York Times har inte kommenterat rättegången men enligt en uttalande från tidningen till Politico så bedriver man "flertalet processer om offentlighetsprincipen".
Stämningsansökan lämnades in efter en utredning från den europeiska ombudsmannen Emily O'Reilly från januari 2022, som fastslog att kommissionen misskött sig när den inte lämnade ut textmeddelandena efter en offentlig begäran från journalisten Alexander Fanta på netzpolitik.org.
Ombudsmannens undersökning fann att kommissionen inte uttryckligen begärt att ordförandens kansli skulle lämna ut just sms, vilket kan ha lett till att Ursula von der Leyen hann radera sms:en.
Som förklaring hävdade EU:s "värderings- och transparenskommissionär" Věra Jourová att sms:en kan ha raderats på grund av deras "kortlivade, flyktiga natur".
Tidigare har Tysklands dagstidning Bild stämt EU-kommissionen för att få fram dokument relaterade till förhandlingarna om att köpa covid-19-vacciner från Pfizer/BioNTech och AstraZeneca.
Även om flera av deras ansökningar har avvisats av domstolarna har Bild, som liknar POLITICO och ägs av Axel Springer, fått fram vissa dokument relaterade till förhandlingarna inklusive e-postkorrespondens från juni 2020.
Ingen information om von der Leyens tidigare kontakter med Pfizer VD Bourla kom dock fram som en följd av Bilds process.
