Misstankarna uppstod när anhöriga sökte vård för flickan, varvid läkarna upptäckte tecken på såväl våldtäkt som tidigare könsstympning.
Polisen larmades omedelbart, och två av de gripna misstänks ha begått brott mot lagen om könsstympning, medan en tredje anhörig är misstänkt för grov våldtäkt mot barn.
Enligt Aftonbladets uppgifter har de tre anhållits, och flickan har omhändertagits av sociala myndigheter.
Polisen bekräftar att de varit på platsen där gripandena skedde.
– Vi har varit där. Det gäller ett utredningsärende, men jag kan inte gå in på vad ärendet gäller, säger Fredrik Bratt vid Skånepolisen.
Åklagare har nu tagit över utredningen.