Anledningen är att han påstod att den franska befolkningen inte vill att muslimer ska assimileras, utan att de ska "sluta stjäla från oss och angripa oss" eller, om den muslimska befolkningen inte kan hålla sig till detta, åka hem.
Dessa kommentarer gjorde Houellebecq under en explosiv intervju i november, där han och filosofen Michel Onfray diskuterade en mängd olika ämnen, inklusive The Great Replacement (befolkningsbytet), islam, Gud, den Europeiska unionen, eutanasi och Frankrikes framtid.
Moskéns överhuvud Chems-Eddine Hafiz har nu krävt att Houellebecq ska ställas inför rätta för sina kommentarer och kallat dem "farliga". Det har också meddelats att moskén kommer att lämna in en anmälan mot författaren.
Detta är inte första gången som Houellebecq åtalats för "rasistiskt förtal", som det heter. Det skedde redan 2001 när han konstaterade att "den mest idiotiska religionen av alla är islam".
Han vann dock målet och frikändes efter att ha överklagat en fällande dom.
Den aktuella intervjun räknas dock som en av de mest kontroversiella i hans långa och kontroversiella karriär och vissa menar att den markerar en vändpunkt i Frankrikes nutida kulturhistoria.