– När Gud skapar oss, innan vi ens lämnat livmodern, så vet vi vem vi är och vad vi är, sade rockikonen och tillade:
– En kvinna är en kvinna och en man är en man.
Delar av publiken applåderade men det hördes också förskräckta burop från delar av åhörarna. Han kritiserade också den offentlighet som getts till människors sexuella preferenser på senare år.
– Vad du än vill syssla med i garderoben, så är det upp till dig. Jag är okej med det. Jag är såhär med min bror Dave Chappelle, sade Santana och höll upp sina händer tätt mot varandra i luften.
Dave Chapelle är en afroamerikansk komiker som på senare tid gjort en rad omstridda uttalanden om bland annat amerikanska judar och homosexuella.
Tidigare har även artister som Van Morrison och Eric Clapton upprört etablissemanget med liknande uttalanden.
Även Alice Cooper sade nyligen ifrån när det gällde föräldrar som byter kön på sina barn, något som är lagligt i USA.
– Jag tycker det är fel när man ser en sexåring som inte förstår vad som pågår. Han vill bara leka och så förvirrar vi honom och säger: "Ptja, du är en pojke, men om du vill vara en flicka istället så kan du bli det", sade Alice Cooper.