Systemet är omkring 700 meter stort och rör sig på 18 meters djup. Där ska det finnas bland annat kontor och dataservrar.
– Det här är ett av de centrala högkvarteren för underrättelser. Det här stället hör till Hamas underättelse-enheter, där de styrde det mesta av striderna, säger en talesperson för den israeliska försvarsmakten.
Innan Israel dök upp ska Hamas ha övergett tunnlarna och skurit av kablar som löpte till anläggningen, enligt Reuters.
I januari kom det fram uppgifter som tydde på att UNRWA:s anställda deltog i Hamas terrorangrepp mot Israel den 7 oktober. Sverige och flera andra länder pausade då sina utbetalningar till UNRWA.