Enligt uppgift försökte Ajdars medlemmer bryta upp dörren till försvarsdepartementet och blockerade med hjälp av bildäck trafiken i närheten av byggnaden. Sammandrabbningar skedde också mellan demonstranterna och ordningsmakten.
Ajdar är den ukrainska arméns 24:e bataljon och består av frivilliga, varav många är högerextremister. Bataljonen, som sponsras av den israelisk-ukrainske mångmiljardären och oligarken Ihor Kolomojskyj, utreds sedan i höstas av myndigheterna för krigsbrott.
Kolomojskyj är en av Ukrainas rikaste män och guvernör i Dnipropetrovsk. Han sponsrar flera andra frivilligbataljoner och har i sin frånvaro åtalats i Ryssland misstänkt för mord, kidnappning och andra grova brott.
Enligt Amnesty International har Ajdar ägnat sig åt övergrepp som kidnappningar, olagliga fängslanden, misshandel, rån, utpressning och troliga avrättningar i östra Ukraina. Enligt obekräftade uppgifter planerar regeringen nu att helt upplösa bataljonen.
Bataljonens befälhavare Sergej Melnitjuk hotar att återvända till försvarsdepartementet på måndag med betydligt fler deltagare om planerna inte stoppas, uppger Kyiv Post.
– Vi förbereder oss bättre den här gången och samlar flera tusen demonstranter. Det är bäst att myndigheterna också får vetskap om detta, säger Melnitjuk.