Efter att SVT-journalisten Lars Borgnäs avslöjat smugglingen år 2004 genomfördes en knapphändig utredning under ledning av dåvarande hovrättspresident Johan Hirschfeldt.
Hirschfeldt mörkade dock nästan alla detaljer om smugglingen och vad som smugglades, och berättade bara att det Försvarsmakten smugglat var "elektronisk utrustning utan anknytning till vapensystem".
När Försvarsmakten nu ombeds redogöra för smugglingen mer detaljerat visar det sig dock vara omöjligt att få reda på vad som smugglats och av vem.
"Försvarsmakten har inga andra uppgifter om denna materiel än de uppgifter som framkommer i utredningen", skriver myndigheten i sitt svar till Haverikommissionen.
Men det är inte bara dokumentationen om vad som smugglades på Estonia som gallrats av Försvarsmakten genom åren.
Även var den svenska ubåten Neptun och dess ubåtskollega HMS Södermanland höll hus under olycksnatten är omöjligt att få reda på eftersom loggböckerna "kommit bort" – enligt Försvarsmakten – trots att de ska arkiveras enligt lag och regelmässigt innehåller hemligheter som omfattas av utrikes- och försvarssekretess.
"Det är inte sällan att loggböcker glöms bort när de väl är ifyllda och att de inte skickas in tillsammans med övriga loggböcker antingen från det aktuella förbandet eller från det aktuella Marinkommandot", skriver Försvarsmakten i sitt svar.
Myndigheten har dock intervjuat personal, oklart vilken, som intygar att ubåtarna inte var vid olycksplatsen under natten.
Idag är ubåten HMS Södermanland fortfarande i tjänst i svenska flottan medan Neptun står uppställd på Marinmuseum i Karlskrona.
Försvarsmakten kan heller inte svara på vad det var för två andra mystiska fartyg som opererade i närheten av Estonia när hon sjönk men som inte deltog i sjöräddningsarbetet.
"1994 hade inte Försvarsmakten radartäckning över förlisningsplatsen och AIS-systemet var ännu inte infört som standard i handelsflottan. Av den anledningen har Försvarsmakten ingen information om de två fartyg som omnämns in JAIC:s rapport", heter det i Försvarsmakten svar.