Beskedet kommer efter att det avslöjats att PM Nilsson fångat ål utan tillstånd.
Han ber om ursäkt för detta och påpekar att böterna är betalda. Men han förstår också att det kan ses som olämpligt att en statssekreterare är involverad i en sådan händelse.
"Jag förstår hur olämpligt det var att fiska ål utan tillstånd och att inte säga som det var till myndigheterna – även om jag sedan ringde tillbaka till polisen och erkände att jag tagit upp 15 fiskar. Jag förstår också det olämpliga i att statssekreterarrollen är inblandad i den här typen av historier. Sverige är i ett utsatt läge."
Han har genom media fått redan på att han också är anmäld för brott mot artskyddsförordningen, en lagstiftning som ska beivra handel med skyddade arter.
"Jag själv vet inte vad anmälan handlar om eller ens om det är jag som är föremål för utredningen - den informationen får jag inte av polisen. Jag får heller inte veta om de avskriver anmälan. Men anmälan diskuteras nu i media och i partipolitiska inlägg. Sammantaget gör situationen att jag har svårt att kunna göra ett bra jobb", skriver han.
PM Nilsson avslutar:
"Jag vill tacka Ulf Kristersson för hans förtroende, hans varma ledarskap och glada humör. Han har en fantastisk stab som var rolig att jobba med. Jag har lärt mig väldigt mycket på en visserligen alltför kort men mycket intensiv tid."
