Enligt Säpo har företrädare för moskén haft kopplingar till personer med anknytning till Irans underrättelsetjänst.
Trots detta menar paraplyorganisationen Islamiska Shiasamfunden, som hanterat bidragen, att de inte känt till några sådana band. I ett uttalande tar de avstånd från uppgifterna, rapporterar P4 Stockholm.
Imam Ali Center, som beskrivs som Nordens största shiamuslimska moské, förnekar kännedom om återbetalningskravet. Församlingen uppger sig för P4 Stockholm vara ovetande om myndighetens beslut.