Den iranske generalen Majid Shoja bekräftade uppgifterna på lördagen.
– Under de senaste 15 dagarna har gränsvakterna vid Taibads gränsregemente repatrierat 20.000 afghanska medborgare som hade kommit till Iran genom Dogharun-gränsen. De överlämnades till representanter för afghanska myndigheter, säger han.
Befälhavaren sa att afghanska flyktingar kan komma in i Iran på laglig väg, annars kommer de att arresteras och skickas tillbaka till Afghanistan.
Officiella siffror visar att antalet afghanska invandrare i Iran är cirka fem miljoner, en stor majoritet av dem är illegala.
Utvisningar till Afghanistan stoppades i praktiken av Sverige i oktober 2023, även om något formellt verkställighetsstopp inte infördes.
Enligt Migrationsverket har situationen i Afghanistan förändrats så mycket att i stort sett alla som har ett verkställbart utvisningsbeslut ska beviljas en ny prövning om de begär det.
Samtidigt har regeringen satsat på något man kallar för "frivillig återvandring" till bland annat Afghanistan. Det är för närvarande inte vetenskapligt bevisat att fenomenet existerar, men Migrationsverket har under hösten tagit fram ett informationsblad om saken, i enlighet med regeringens regleringsbrev för 2023.