Bakgrunden till utredningen är journalisten Henrik Evertssons dokumentär "Fyndet som ändrar allt" från 2020. Dokumentären visade hur Evertsson och hans team skickade ned en robotkameran från fartyget Fritz Reuter till Estonias vrak i september 2019, och filmade hålet i skrovet på nära håll.
Vid sin förlisning 1994 hade Estonia trafikerat linjen Stockholm–Tallinn i knappt ett år. Själva färjelinjen tillkom 1991 på dåvarande statsminister Carl Bildts initiativ, i syfte att kunna smuggla hemlig vapenteknologi till USA-sidan från den sammanfallande Sovjetunionen efter kalla kriget. Under täckmantel av vanlig persontrafik pågick verksamheten till den 28 september 1994, då fartyget plötsligt sjönk under mystiska omständigheter mitt på Östersjön.
Trots att finlandsfärjorna Silja Europa och Viking Mariella var på plats nästan omedelbart satte varken de eller någon av de andra fem fartyg som kom till haveriplatsen efter förlisningen i några livbåtar. Endast finsk och svensk sjöräddning samt militär deltog i den ineffektiva räddningsinsatsen som bedrevs helt med helikoptrar. I Sverige prioriterade man dessutom att lasta ombord så många journalister i helikoptrarna att det nästan inte fanns någon plats kvar åt att ta ombord nödställda, som istället lämnades i livflottar där de frös ihjäl.
Till följd av förlisningen och den ineffektiva räddningsinsatsen dog 852 människor vid katastrofen, varav många frös ihjäl i livflottar. Anhöriga har sedan dess krävt nya dykningar och utredningar, men fått nej. Istället har regeringen infört en lag om gravfrid och vägrat att utreda varför enbart militära enheter deltog i räddningsinsatsen. Lagen ändrades dock den 1 juli för att tillåta dykningar utförda av myndigheterna.
I ett reportage i Uppdrag granskning 2004 avslöjades att Sverige smugglat militärmateriel på Estonia en vecka och två veckor före katastrofen. Regeringen uppdrog efter avslöjandet åt juristen Johan Hirschfeldt att utreda om Försvarsmakten hade smugglat vapen även på olycksnatten. Hirschfeldt fick dock inte utreda om den myndighet som skötte smugglingen på Estonia, myndigheten KSI, hade smugglat något på olycksnatten.
Senare framkom det att Hirschfeldt hade förstört allt utredningsmaterial och mörkat en rad uppgifter som hade kunnat bringa klarhet i varför Estonia sjönk.
