Horst Seehofer är partiledare för CSU, det bayerska systerpartiet till Merkels kristdemokratiska CDU.
Sedan många år tillbaka har CSU förespråkat en mer begränsad invandring än förbundskansler Angela Merkel, som har en extremt vänsterliberal inställning till invandringen från tredje världen.
– Jag kan inte arbeta med den här kvinnan längre, ska en frustrerad Seehofer ha sagt vid åtminstone två tillfällen nyligen under möten med partikollegor, rapporterar Die Welt.
Kommentarerna ska ha fällts efter att Horst Seehofer nyligen presenterade sin "mästarplan" för att minska invandringen för förbundskanslern. Kärnan i planen är att redan vid gränsen direktavvisa alla asylsökare som tidigare registrerats i andra EU-länder.
Ingår allians
Nu har Seehofer startat en öppen strid med Angela Merkel. Bland annat ingick han förra veckan en "allians" med de invandringskritiska inrikesministrarna i Italien och Österrike – Matteo Salvini och Herbert Kickl – rapporterar Daily Mail.
På måndagen backade Horst Seehofer något från sina krav på Merkel och gick med på att implementera sin plan "stegvis" medan förbundskanslern får en chans att söka en lösning på EU-nivå, skriver Al-Jazeera.
Merkel säger att hon själv inte vill se direktavvisningar vid gränsen men lovade att ta upp invandringsfrågan på ett EU-toppmöte den 1 juli.
– Vi önskar förbundskanslern lycka till, säger Horst Seehofer efter mötet med Merkel.
Spår att Merkel tvingas avgå
Kai Whittaker, som är ledamot för CDU i förbundsdagen, säger i en intervju med BBC News att splittringen i regeringen kan skapa "en ny politisk situation" i Tyskland i slutet av nästa vecka.
Enligt honom kan Angela Merkel tvingas att avgå som en följd av tumultet.
– Frågan är vem det är som leder regeringen. Är det Angela Merkel eller är det Horst Seehofer? säger Kai Whittaker enligt Daily Express.