Som motiv till försäljningen anger Sea-Eye att fartyget två gånger blivit kvarhållet av den italienska kustbevakningen.
Detta har blivit "en stor ekonomisk börda" för vänsterorganisationen.
"Den italienska kustbevakningen har redan kvarhållit Alan Kurdi två gånger på lösa grunder. Sea-Eye lyckades frigöra fartyget båda gångerma efter långa diskussioner och med juridiska medel. Förvaret av räddningsfartygen hindrar inte bara Sea-Eye från att utföra sitt arbete utan kostar också enorma summor pengar för hamn- och juridiska avgifter", skriver Sea-Eye på sin hemsida.
Fartyget, som är döpt efter den uppmärksammade drunknade pojken, säljs för 400.000 euro till den italienska organisationen ResQ, som också ägnar sig åt människosmuggling.
Enligt Sea-Eye har Alan Kurdi "räddat 927 liv" i tolv olika "räddningsaktioner" under tiden det använts som smugglingsfartyg.