Jones undersökning bygger på intervjuer med 13 nuvarande och tidigare BBC-anställda som riktar skarp kritik mot Raffi Berg, chef för Mellanösternredaktionen på BBC:s nyhetsplattform online.
Berg pekas ut som nyckelperson i att vinkla artiklar till Israels fördel och ignorera interna klagomål om bristande opartiskhet.
Under de senaste 14 månaderna har fler än 100 BBC-anställda undertecknat en protestskrivelse som kräver att situationen ändras.
Anställda menar att viktiga historiska och kontextuella aspekter, såsom Israels ockupation och brott mot mänskliga rättigheter, ofta utelämnas eller bagatelliseras.
Kritiken kulminerade när Amnesty Internationals rapport om folkmordet i Gaza fick minimal uppmärksamhet på BBC:s plattformar.
Flera anställda vittnar om att Berg använt sin position för att omformulera artiklar och rubriker så att Israels narrativ får större tyngd.
Exempelvis har ord som ”massaker” och ”brott mot mänskligheten” ersatts med andra, mer urvattnade, formuleringar.
Muhammed "dog i ensamhet"
En särskilt kritiserad rapportering var den om Muhammed Bhar, en palestinsk man med downs syndrom som dog efter att israeliska soldater lät sin kamphund bita sönder honom och därefter lämnade honom att förblöda utan åtgärd.
Journalisten som skrev artikeln satte ursprungligen rubriken “Gaza: Palestinier med Downs syndrom 'lämnades att dö' av israeliska soldater efter attack med militärhund".
Berg gick dock raskt in och ändrade rubriken till: "Man i Gaza med downs syndrom dog i ensamhet" (The lonely death of Gaza man with Down’s syndrome).
Den vilseledande rubriken har nu stått i centrum för journalisternas kritik mot sin chef.
BBC försvarar sig genom att hävda att de följer sina "redaktionella riktlinjer" och strävar efter opartiskhet. Men intern kritik fortsätter, där anställda beskriver ledningens svar som bristfälligt och överslätande.
– Vi vill bara att BBC ska leva upp till sina egna värderingar om opartiskhet och trovärdighet, säger en anonym BBC-journalist.
Debatten kring BBC:s rapportering riskerar nu att skada förtroendet för världens mest inflytelserika nyhetsorganisation.