Avhoppet kommer efter den förnyade kritikstorm som riktats mot det ansedda institutet sedan en dokumentärserie i tre delar, som handlar om Macchiarinis experimentella transplantationer av konstgjorda lufstrupar, sändes i SVT förra månaden. Sex av patienterna har avlidit efter ingreppen.
Macchiarini rekryterades till KI 2010, drygt två år innan Hamsten tillträdde posten som rektor för skolan. Sommaren 2011 genomfördes den första operationen på en patient som led av en luftrörstumör och som fick en konstgjord luftstrupe istället. Patienten fick enligt SVT:s dokumentär återkommande komplikationer med den nya luftstrupen och avled två och ett halvt år senare.
I november samma år opererades ytterligare en patient som led av en luftrörstumör. Även den patienten drabbades av komplikationer och avled mindre än ett halvår senare, i mars 2012.
Sommaren 2012 opererades den första patienten som inte befann sig i ett livshotande tillstånd innan operationen. Patienten drabbades av komplikationer och avled två månader senare. Ytterligare tre patienter har avlidit efter att ha fått en konstgjord luftstrupe.
En stor del av skandalen kring Macchiarini handlar om den bristfälliga forskning som föregått transplantationerna. 2014 inledde KI en utredning om misstänkt forskningsfusk, en anklagelse som Macchiarini friades ifrån i augusti ifjol.
– När vi har granskat misstankarna om oredlighet i forskning i de sju anmälda artiklarna har vi konstaterat att vissa brister föreligger, men att de inte är att betrakta som forskningsfusk, sade Hamsten vid en presskonferens då.
Kritiken mot KI tilltog då de friade sin egen forskare och efter att SVT sänt sin dokumentärserie kallades KI för "etikens Tjernobyl" av Bo Risberg, professor emeritus i kirurgi, i en artikel i Läkartidningen.
I ett "klargörande" som publicerades på KI:s hemsida för två veckor sedan lade institutet skulden för dödsfallen på Karolinska Universitetssjukhuset, eftersom det var där transplantationerna utfördes. Det var "sjukhusets ansvar att göra medicinskt etiska bedömningar och att fatta beslut om varför och hur ingreppen skulle utföras", skriver skolan i klargörandet.
Idag meddelar Karolinska Institutets rektor att han avgår från sin post.
– Med anledning av den kritik som följt på den så kallade Macchiarini-affären har jag kommit till slutsatsen att det blir svårt för mig att med trovärdighet och kraft verka som rektor. Därför ställer jag min plats till förfogande, säger han i ett pressmeddelande.
KI:s hantering av skandalen ska nu granskas externt av Sten Heckscher som tidigare varit både rikspolischef och ordföranden i Högsta Förvaltningsdomstolen. Parallellt med den externa granskningen pågår även en polisutredning om vållande till annans död och kroppsskada.