En privatperson upptäckte föremålet vid 07.15 och stannade kvar för att varna andra trafikanter, rapporterar TV4 Nyheterna.
– Nationella bombskyddet är på väg, säger polisens presstalesperson Ola Österling.
Avspärrningarna sträcker sig över ett större område, vilket väntas påverka morgontrafiken kring Skeppsbron och Munkbron.
En förundersökning om försök till grov allmänfarlig ödeläggelse har inletts, skriver TV4.
Området mellan Skeppsbron och Nya Slussen är nu avspärrat av både land- och sjöpolisen, som hindrar båtar från att köra för nära om det skulle smälla.
All busstrafik Skeppsbron har dragits om till Munkbroleden på östra sidan av Gamla stan. Båtlinjerna 82, 83 och 84 lägger inte till vid Slussen utan går till Strömkajen, enligt SL.
