Händelsen inträffade efter att Stenergard svarat på en fråga om situationen för palestinier i Mellanöstern. Tre personer har gripits och polisen utreder händelsen.
På en videoupptagning från händelsen hörs en man och en kvinna skrika om att utrikesministern stöder Israels folkmord.
Debatten fick avbrytas för sanering och åhörarläktaren tömdes.
Statsminister Ulf Kristersson fördömer tomatattacken.
– Jag förväntar mig nu en grundlig analys av hur detta kunde gå till och kraftfulla åtgärder för att upprätthålla riksdagsledamöters och statsråds säkerhet i kammaren, säger han till Expressen.
Även Maria Malmer Stenergard uttrycker sin oro, för Dagens Nyheter.
– Man måste kunna delta i samtalet, man måste kunna delta i en debatt utan att få saker kastade på sig. I synnerhet i riksdagens kammare som är de folkvaldas rum, säger hon till DN.
