Omröstningen slutade med 360 röster mot ett misstroende, 175 röster för och 18 nedlagda röster. För att misstroendet skulle ha gått igenom hade det krävts två tredjedelars majoritet.
De två största grupperna, Europeiska folkpartiet (EPP) och socialdemokraterna, hade redan innan rösttillfället aviserat sitt stöd till von der Leyen.
Bakom misstroendeinitiativet står den rumänske parlamentarikern Gheorghe Piperea från ECR, som kräver von der Leyens avgång med hänvisning till hennes "bristande ledarskap och transparens".
Kritiken fick särskilt fart efter att EU-domstolen i maj fastställde att kommissionen inte hade rätt att dölja textmeddelanden mellan von der Leyen och läkemedelsjätten Pfizers vd i samband med jätteköpet av coronavaccin under pandemin.
Ursula von der Leyen själv har avvisat kritiken som en konspirationsteori, som hon menar framförs av vaccinmotståndare och Rysslandsvänliga grupper med syftet att splittra Europa.
Hon har också anklagats för att otillbörligt ha försökt påverka Rumäniens presidentval i maj, där globalisten Nicusor Dan till slut besegrade nationalisten George Simion efter att en tidigare nationalistisk och EU-kritisk kandidat, Calin Georgescu, diskvalificerats och anklagats för brott utan bevis efter att ha vunnit första valomgången.
Ungerns premiärminister Viktor Orbán har offentligt krävt att Ursula von der Leyen ska avgå. Även bland hennes traditionella anhängare i vänstern och centern finns ett växande missnöje, bland annat över hennes samarbete med högern och att EU:s klimatpolitik urvattnats.
