Det egyptiska fartyget fick syn på en grupp rebeller vid kusten under en patrullering nära staden Rafah vid gränsen till Gaza. En eldstrid inleddes, fartyget fattade eld och tvingades retirera, rapporterar Daily Mail.
Ingen ombord ska ha dödats eller blivit allvarlig skadad, enligt brigadgeneral Mohammed Samir. Terrorister från en IS-kopplad organisation som kallar sig Sinaiprovinsen har tagit på sig skulden för raketbeskjutningen.
Vittnen i Gaza har berättat att de hörde en kraftig explosion när fartyget befann sig cirka tre kilometer utanför kusten.
Säkerhetsläget på Sinaihalvön har varit dåligt sedan den demokratiskt valde islamistiske presidenten Mohamed Morsi störtades av militären i en statskupp för två år sedan. Sinaiprovinsen har de senaste veckorna tagit på sig flera attentat riktade mot egyptiska soldater.