Polis och räddningstjänst larmades klockan 00:56 natten till onsdagen till Geneta i Södertälje efter att vittnen slagit larm om en kraftig smäll.
– Det var en ordentlig smäll som folk ringde in om strax före klockan ett i natt, säger Per Fahlström, polisens presstalesperson, till Sveriges Radio.
På plats kunde polisen konstatera att skett en detonation vid en samlingslokal i den syrianska ortodoxa kyrkan. Nationella bombskyddet och tekniker kallades till platsen.
Det finns inga uppgifter om personskador och platsen är avspärrad. Brottet rubriceras som allmänfarlig ödeläggelse.
Polisens tekniker är under onsdagsmorgonen på plats för att göra en teknisk undersökning på brottsplatsen. Den aktuella lokalen ligger i nära anslutning till kyrkan.
Ingen har i nuläget frihetsberövats misstänkt för brottet.