Därmed blir det miljöpartisten Alexander Van der Bellen som blir landets statschef de kommande sex åren, en roll som främst är symbolisk.
Rösterna är ännu inte färdigräknade, men en tidig prognos tyder på att Van der Bellen vann med 53 procent av rösterna mot 46 procent för Hofer, skriver BBC.
Det är en tillräckligt stor marginal för att Hofer ska ge upp kampen redan innan rösterna räknats klart.
"Kära vänner! Jag tackar er. Ni har stöttat mig så fantastiskt och jag är otroligt ledsen att det inte gick vägen", skriver han på Facebook där han erkänner sig besegrad.
Den besegrade presidentkandidaten skriver också att han gärna hade tagit hand om Österrike och att Van der Bellen gratulerat honom till hans framgångar. Han uppmanar även alla österrikare att hålla ihop efter valet.
"Vi är alla österrikare, oavsett hur vi väljer att rösta. Länge leve vårt hemland Österrike", avslutar han.
Många nationalistiska österrikare är nedslagna av beskedet.
"Vårt land står vid en avgrund, jag skäms för Österrike!" skriver en besviken ung kvinna som kommentar.
